هيأت امناء عاليترين مرجع بنياد در زمينه سياستگداري و تصميم گيري و داراي كليه اختيارات قانوني در حدود اهداف و وظايف بنياد و اداره امور آن مي باشد. رياست هيأت امناء با رئيس جمهوري اسلامي ايران مي باشد.

تركيب هيأت امناء:

الف: اعضاي حقوقي

- رئيس جمهور (رئيس هيأت امناء) جناب آقاي حجت الاسلام و المسلمين دكتر حسن روحاني

- معاون رئيس جمهور و رئيس بنياد جناب آقاي دكتر سورنا ستاري

- دبير شوراي عالي انقلاب فرهنگي جناب آقاي دكتر مخبر دزفولي

- وزير علوم، تحقيقات و فناوري جناب آقاي دكتر فرهادی

- وزير بهداشت درمان و آموزش پزشكي جناب آقاي دكتر هاشمی

- وزير فرهنگ و ارشاد اسلامي جناب آقاي سیدرضا صالحی امیری

- وزير آموزش و پرورش جناب آقاي دکتر فخرالدین احمدی آشتیانی

- رئيس سازمان مديريت و برنامه ريزي كشور

- رئيس كميسيون آموزش و تحقيقات مجلس شوراي اسلامي جناب آقاي دكتر زاهدي

  - رئيس نهاد نمايندگي مقام معظم رهبري در دانشگاه ها جناب آقاي دكتر حجت الاسلام محمد محمدیان

  - رئیس جهاد دانشگاهی جناب آقاي دكتر طيبي

  - رئيس دانشگاه آزاد اسلامي جناب آقاي دكتر ميرزاده

ب: اعضاي حقيقي

نُه نفر از شخصيت هاي خبره و نخبه علمي كشور به عنوان اعضاي حقيقي كه دو نفر از آنها از علماي برجسته حوزه هاي علميه به انتخاب شوراي عالي حوزه علميه قم و دو نفر از بانوان نخبه علمي كشور مي باشند.

      - دكتر منصور كبگانيان

      -دكتر سعيد سهراب‌پور

      -دكتر محمدعلي كي‌نژاد

      -دكتر رضا ملك‌زاده

      -حضرت آيت‌اللّه سيد محمد غروي

      -حضرت آيت‌اللّه سيد محمدرضا مدرسي يزدي

      -دكتر محمدرضا عارف

      -دكتر الهام امين‌زاده